El personaje principal, Takumi, es un joven con problemas. Él lucha por distinguir lo real de lo imaginario, mientras es perseguido por el responsable de una serie de sangrientos asesinatos (o por lo menos eso es lo que cree). Su viaje le lleva a los alrededores de Shibuya, Tokyo; donde su aventura le hace contactar con varios temas científicos como el concepto de la materia, antimateria y el mar de Dirac.